メタルギアの全ストーリーを時系列順に解説する

【ソリッド３】
　ネイキッド・スネークはゼロ少佐の指示の許、米国を裏切った師匠のザ・ボスの暗殺を依頼される。
　ザ・ボスはソ連の強硬派ヴォルギン大佐の許へと亡命し、その際に彼と派閥争いをしているソ連の開発基地に核爆弾を打ち込んでいた。
　彼女を米国の兵であるネイキッドが討伐して、米国とザ・ボスの凶行が無関係であることを証明し、二国間の戦争を食い止めることが目的である。

　ザ・ボスを暗殺した後、彼女の目的がヴォルギン大佐の持つ「賢者の遺産」と呼ばれる莫大な資金を米国に流すことが目的だったことが明かされる。
　核爆弾を撃ち込んだのは、ザ・ボスに責任を押し付けて戦争の火種を作ろうとしたヴォルギン大佐の暴走であった。
　戦争の火種を消すため、汚名を背負ってネイキッドに殺されること。
　それがザ・ボスが米国より受けた最後の依頼であった。
　ザ・ボスを超えた人物として、ネイキッドはビッグボスの異名を得る。